Con respecto a que por la vía penal se te acuse de fraude por librar un cheque que, posiblemente, no tuvo fondos, ciertamente podría proceder si resulta inverosímil la forma en que se haya extraviado el cheque y cómo este llego a las manos del portador.
Por la vía mercantil, la legislación favorece al tenedor de buena fe (y esta se presume, así que te corresponde comprobar sin dar lugar a dudas que no le diste ese cheque de forma voluntaria), pues incluso al hablarse de títulos de crédito al portador que se reporten como extraviados, el artículo 73 de la Ley General de Operaciones de Crédito señala que se le deberán pagar al tenedor de buena fe.
Es decir, tanto por una vía penal como en una vía mercantil, todo depende de que puedas comprobar fehacientemente que:
1) Existe un pagaré que ampara la cantidad de dinero que te prestó
2) Que ese cheque intenta amparar esa misma cantidad de dinero
3) Que ese cheque en verdad se te perdió
4) Que él sustrajo ese cheque